2006年9月18日，社科院法学研究所召开“宗教事务的法制建设”研讨会。自治区社会科学联合会、自治区党委政策研究室、自治区政法委理论研究室、自治区民宗委法规处、自治区高级人民检察院、自治区安全厅、自治区监狱管理局等单位从事相关问题研究的领导和专家学者共40余人参加了会议。
与会专家学者们围绕宗教事务的法制建设进行了热烈的讨论和交流。有学者提出宗教极端势力是一股反动的政治势力，它是一种奉行宗教极端主义思想的社会力量。宗教极端主义为宗教极端势力提供思想和理论，而宗教极端势力则是在这种思想和理论的指导下完成其主张的。宗教极端势力的基本特征是由其本质所决定的，主要有极端性、欺骗性、政治性、暴力性等特点。其不仅对国家安全造成了危害，而且破坏了祖国统一和民族团结，阻碍了经济发展，毒化宗教氛围和人们的宗教意识。还有学者对宗教信仰和宗教活动进行了分析，指出宗教信仰是公民的一项基本权利，而宗教活动是外化的宗教信仰行为和活动，为了更好的保护公民宗教信仰自由权利和正常的宗教活动，维护公众利益和法律尊严，我国应尽快制定《宗教事务条例实施细则》，使其在法律的范围内正常运行。与会专家认为，新疆宗教不仅具有伊斯兰信教群众多，宗教活动场所多，宗教教职人员多，非正规学经人员多，朝觐人员多等特点，而且近年来也呈现出一些新动向，如境内外“三股势力”利用宗教进行渗透破坏的形势仍然十分严峻；境外宗教组织利用广播、书报、音像制品等进行渗透宣传呈上升态势；宗教极端组织“伊斯兰解放党”在全疆发展蔓延且向内地省市渗透；非法宗教活动屡禁不止；宗教狂热极度升温；利用互联网不断变换宣传手段；建立非法印刷窝点等。
最后，学者们提出要依法管理宗教事务，用法律明确规范正常宗教活动与非法宗教活动，积极引导宗教与社会主义社会相适应，明确侵犯宗教信仰自由者的法律责任、宗教事务管理者的法律责任及利用宗教进行违法犯罪的法律责任，重视法制宣传教育的作用，从而进一步强化宗教信仰自由的司法保障。
